основа нарахування ПДВ

Включение/исключение суммы платежа в основу начисления другого определяется формулой (которую надеюсь Вы не поменяли) в справочнике таможенных платежей и способами платежа (СП). Параметры включения/исключения одного платежа в в другой задаются в режиме взаимосвязи по способам платежа.

В новом окне, которое откроет подсвеченаая опиця меню нужно выбрать раздел взаимеосвязей Пошлина-НДС

По координатным осям таблицы расположены цфировые занчения способов платежа :

"Шарик" в координатныой сетке указывает на включения платежа со способом платежа X указывает на его включение в основу начисления платежа c СП Y :

При перемещении мыши по координатной сетке, выводится пояснение к каждой ячейке. Вам нужно сделать установки как показано на рисунке и вернуться к закполняемой ГТД и надать кнопку с пиктограммой калькулятор или нажать Ctrl+F2 - пересчитать платежи.