в інвойсі невірно підбито загальну кількість місць

А ведь инвойс, чтобы Вы понимали- это ЦЕНОВОЙ документ!

Для указания мест есть другие документы: упаковочный, отрузочная спецификация.. Да та же ЦМР! И ТИР Карнет..

Я бы не опирался на места в инвойсе.

"Лепите" спецификацию к ЦМР или инвойсу, шлёте отправителю на пропечатку- и вперёд!